La Carrera de Farmacia se inició con la reorganización del Instituto Profesional, por el Presidente General José María Cabral y Luna, en el año 1866. Monseñor Fernando Arturo de Meriño creo la Cátedra de Farmacia, conjuntamente con las de Cirugía y Medicina, en el 1882. El primer Farmacéutico graduado en el Instituto Profesional, fue Eduardo R. Shack, cuyo título fue otorgado por el Juro Medico.

El Juro Médico emitió un reglamento en el año 1882, que incluía por primera vez a un Boticario, en ese reglamento se establecía con claridad que nadie podía dedicarse a la profesión de Boticario o Farmacéutico, sin el título correspondiente y prohibía a los profesionales de medicina o cirugía, establecer Boticas, regentearlas o expender medicamentos, bajo pretexto alguno, a menos que se encontrasen en una población o lugar en donde no existan Boticas, donde a los enfermos se les podía suministrar aquellas medicinas indispensables para su curación.

El Instituto Profesional asumió la Cátedra de Farmacia y el Juro Médico, en virtud de la ley número 36 del 23 de mayo del 1882 y el Reglamento Orgánico número 35 del 14 de octubre de 1882. El 8 de febrero de 1905, el Licenciado Rafael Delgado Tejera, fue nombrado como el primer profesor titular en la Facultad de Farmacia, la que configuraba el establecimiento del profesional farmacéutico en la República Dominicana . El ultimo graduado con el título de licenciado en farmacia en el Instituto Profesional, fue Virgilio Díaz Ordoñez, el 23 de julio de 1914.

A partir del 1909, la Escuela de Farmacia funge en las actas del Consejo Universitario como Facultad de Farmacia y en el 1937, como Facultad de Farmacia y Ciencias Químicas, creada mediante la ley de organización universitaria número 1398 del año 1937 y funcionó hasta el año 1966. Los primeros doctores graduados con el título de Dr. En Farmacia y Ciencias Químicas, fue en el año 1940.

En el año 1954, se funda la Farmacia Modelo, como una unidad docente, con la finalidad de preparar medicamentos a bajo costo para la población y que los estudiantes de farmacia realizaran sus prácticas en un escenario real, así mismo fines, desde el 1954 al 1968, en la Escuela Modelo, fueron preparadas 17,412 fórmulas farmacéuticas.

Para el año 1959, en la Facultad de Farmacia y Ciencias Químicas, cuenta con tres Escuelas:

Con el inicio del Movimiento Renovador, en el año 1966, fruto de los cambios estructurales, sobre la base de la departamentalización universitaria, la Escuela de Farmacia queda adscrita como Departamento de Farmacia de la Facultad de Ciencias y en 1969, es transferida a la Facultad de Ciencias Médicas, en busca de integración racionalizada en la formación de recursos humanos, por áreas con propósitos comunes, ya que se consideró que el ejercicio del profesional farmacéutico se estaba desarrollando al margen de los profesionales de la salud pública.

La última promoción graduada de doctores en Farmacia y Ciencias Químicas fue el 25 de febrero del 1967, a partir de esa promoción, el título que se otorga es el de Licenciado en Farmacia.